A Escola Portuguesa de Díli surgiu no âmbito do acordo de cooperação assinado a 4 de dezembro de 2002, entre a República Portuguesa e a República Democrática de Timor-Leste, considerando o interesse recíproco no desenvolvimento da cooperação entre os dois estados, no domínio do ensino da língua e da cultura portuguesas.

Este estabelecimento de ensino foi criado pelo Decreto-Lei n.º 48/2009, de 23 de fevereiro, embora tenha iniciado a sua atividade no ano letivo de 2002/2003. O Decreto-Lei n.º 214/2015, de 29 de setembro, veio estipular novas alterações ao regime jurídico desta escola, projetando-a para uma maior afirmação e qualidade na melhoria da sua oferta educativa e formativa e, consequentemente, dos resultados escolares.

Inicialmente denominada Escola Portuguesa de Díli, em 2010/2011, passou a designar-se Escola Portuguesa de Díli - Centro de Ensino e Língua Portuguesa e, no ano letivo de 2011/2012, em homenagem ao seu patrono, começou a utilizar o nome de Escola Portuguesa Ruy Cinatti – Centro de Ensino e Língua Portuguesa. A designação, incluindo o nome do seu patrono, foi consignada pelo Despacho n.º 11812/2015, de 21 de outubro, Escola Portuguesa de Díli - Centro de Ensino e Língua Portuguesa - Ruy Cinatti, que contemplou ainda a forma abreviada de Escola Portuguesa Ruy Cinatti.

A oferta educativa e formativa deste estabelecimento de educação e de ensino compreende os níveis de educação, formação e aprendizagem da educação pré-escolar, do ensino básico geral e do ensino secundário, sendo frequentada por alunos de várias nacionalidades, com prevalência dos alunos timorenses. Nas outras nacionalidades, os alunos portugueses são os que se encontram significativamente mais representados.